Во время китайско-японского конфликта, еще до начала Второй мировой войны, для руководителей японской армии стало очевидно, что требуется новый разведывательный самолет для покрытия огромных расстояний, с которыми они сталкиваются в Китае. Задание разработать высокоскоростные дальнобойные разведывательные самолеты было дано корпорации Mitsubishi в 1937 году, приоритетом ставились скорость и дальность полета.
У прототипа, завершенного в ноябре 1939 года, было несколько проблем; в том числе скорость была на 10 процентов меньше, чем ожидалось, но все же была выше, чем у союзных истребителей и даже их собственного A6M2 Zero. Mitsubishi продолжала работу над усовершенствованной версией своего двигателя Ha-26 (Ha-102).
В марте 1941 года появился двигатель мощностью 1080 л.с. Ha-102, и Ki-46 II вступил в производств. P-38F «Молния» и F4U-1 «Corsair» были ожидаемыми в ближайшее время в Тихом океане, и, чтобы противостоять этой угрозе, Мицубиси было сказано увеличить производительность, используя два 1,5-литровых двигателя Ha-112-II. Испытания Ki-46 III начались в декабре 1942 года, и их результаты были выдающимися, достигнута максимальная скорость 630 км / ч на высоте 6000 м и потолком в 10 000 м. Продуманный на протяжении всей войны, эстетически красивый Ki-46 III летал почти беспрепятственно до 1945 года, когда союзные бойцы, наконец, смогли перехватить этот высокоскоростной разведывательный разрядник.
