В связи с тем, что возникла необходимость обучения пилотов для работы с таким необычным самолетом, как МиГ-25, была разработана и испытана учебно-тренировочная версия нового МиГа. Прототип был разработан на базе перехватчика. Заинтересованность в спарке высказал и заказчик — авиация ПВО. Официально самолет создавался по решению Военно-промышленной комиссии при Совмине СССР от 7 июля 1965 г.
Носовая часть самолета до шпангоута № 1 была переконструирована для размещения там кабины инструктора.
Серийное производство МиГ-25ПУ начато в 1970 году. в Горьком, которое продолжалось до 1985 г. Всего было изготовлено около 180 экземпляров этих машин.
