Клипер «Опричник» заложен в Архангельске 5 января 1856 года в числе однотипных паровых клиперов — «Разбойник», «Стрелок», «Пластун», «Наездник» и «Джигит». Корабли предназначались для крейсирования на коммуникациях противника в ходе Крымской войны (идея и инициатива И. А. Шестакова поддержанная его непосредственным начальником — великим князем Константином Николаевичем, непосредственное руководство при исполнении проекта — А. А. Попова). Строительством «Опричника» занимался поручик В. П. Василевский.
С 1858 года командование кораблём принял на себя капитан-лейтенант М. Я. Федоровский
После вступления в кампанию и окончания подготовки, 24 июня 1858 года «Опричник», «Рында» и «Гридень» в составе второго Амурского отряда под командованием капитана 1-го ранга А. А. Попова, ушли из Кронштадта на Дальний Восток с дипломатичскими, исследовательскими и патрульными целями
За время перехода выявилась склонность клипера приводиться к ветру, так как центр парусности находился позади центра бокового сопротивления корпуса. Этот недостаток был исправлен во время стоянки в Рио-де-Жанейро, путём изменения парусности по типу барк. В июне 1859 года "Опричник" прибыл в Николаевск. Здесь командование клипером принял лейтенант Н. И. Бакалягин.
В 1859 — 1860 годах клипер занимался исследованиями Амурского лимана, побережья японских и корейских островов, а также выполнял различные снабженческие и почтовые поручения.
5 марта 1860 года командиром назначен капитан-лейтенант П. А. Селиванов. Клипер выполнял особые поручения в Японии и проводил исследования. Так были проведены гидрографические работы в заливе Шветер, позже этот залив получил название Опричник.
Осенью 1861 года, после поступления приказа самостоятельно вернуться в Кронштадт, «Опричник» прибыл в Шанхай для ремонта. Из Шанхая клипер вышел 31 октября. Для пополнения запасов «Опричник» по плану зашёл в порт Батавия, откуда П. А. Селиванов рапортовал о полной готовности корабля к переходу. 10 декабря клипер покинул Ботавию. Ему предстояло пересечь Индийский океан но корабль пропал без вести.
Существует несколько версий пропажи (гибеди) корабля. Официальное расследование Морского министерства установило, что по всей вероятности в ночь с 25 на 26 декабря 1861 года, на полпути между Зондским проливом и мысом Доброй Надежды, корабль погиб попав в центр урагана.
Также существуют несколько альтернативных версий гибели корабля.
По одной из них, на корабле произошёл взрыв, по аналогии с собратом «Пластуном», который погиб 18 августа 1860 года в Балтийском море. По другой, «Опричник» мог затонуть из-за увеличившегося крена в следствии смещения груза в момент поворота во время сильной качки. По очередной версии, корабль погиб в момент встречи с ураганом, получив предельный крен под ветер, в следствии чего внутрь корабля пошла вода, и он затонул, либо корабль сделал оверкиль и был разбит волнами. Также существует версия по которой корабль погиб из-за пьянства командира, который отдавал неадекватные приказы.
7 апреля 1863 года клипер «Опричник» был исключён из списков судов флота, а экипаж — из списков личного состава.
